Для этого используются автоматические скидки. 

• их надо включить НСИиадминистрирование/CRM и маркетинг/Автоматические скидки в продажах
• Зайти в справочник Скидки(CRM и маркетинг/Цены и скидки/Скидки(наценки)
• Добавить новую скидку с типом  «Округление суммы документа»и  выбрать вариант округления  (арифметика, в пользу клиента или в пользу предприятия
• Установить общий статус/Действует и указать период действия и другие условия применения при необходимости 

Есть тонкость: Группа совместного применения это группа справочника скидки и в ней указывает вариант совместного применения. Если вариант максимум (как у меня было в начале),  то из всех скидок в этой группе например начисление бонусов и округления, применится максимальная, что неправильно. Поэтому пришлось исправить на вариант «Сложение», возможно затем  потребуется подкорректировать, но  сейчас работает.

Скидки в РМК применяются по кнопке «Применить скидки», или в момент нажатия кнопки принять Оплату.