Для того, чтобы корректно отрабатывало заполнение справки НДФЛ требуется провести несколько операций.
Порядок действий
Проверяете корректность заполнения кода ОКТМО в меню «Справочники/Налоги/Налоги и сборы»
- В списке справочника «Сотрудники» по кнопке «Налоги на доходы«
- Выбрать в выпадающем меню «Корректировка данных по НДФЛ«
- В открывшейся форме нажать кнопку «Заполнить«
- Проверить верность данных помесячно.
Заполнить аналогично по всем сотрудникам, которые получали доход в отчетном году.
Далее требуется заполнить документ «Перечисление НДФЛ в бюджет РФ«, который находится в меню «Документы/Зарплата«.
Данный документ вводится на каждую платежку по перечислению налога. 
Если документы были заполнены ранее, можете переходить к следующему этапу.
Открываете форму печати справок «Отчеты/Специализированные/Справки по НДФЛ«.
- На первой вкладке выбираете сотрудников, отчетный год, выбираете режим «Передача данных в ИФНС«
- Если она была открыта перед этим, на вкладке «Список справок» требуется обновление списка, чтобы обработка увидела данные по перечисленным суммам.
Проверяете результат.
При верном заполнении на предыдущих этапах вы получите корректно сформированную форму 2-НДФЛ.